Praxe u paragrafu 16 ukazuje hned na několik problémů

Na paragraf 16 jsou hrazeny léky neregistrované a nehrazené, registrované a zcela nehrazené, off-label léky a léky registrované a hrazené v jiné indikaci. Posledně jmenované léky bývají na paragraf 16 hrazeny za mnohonásobně vyšší ceny, než kolik stojí při standardním zařazení mezi úhradovými léky.