Vědci ÚOCHB představili třetí verzi softwaru MZmine

0
389
MZmine
Vědci ÚOCHB a spoluautoři softwaru MZmine 3 Tomáš Pluskal [vlevo] a Robin Schmid [vpravo] / Foto: Tomáš Belloň

Mezinárodní tým vědců vedený Tomášem Pluskalem z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR [ÚOCHB] představil novou verzi zavedeného softwaru MZmine 3. Ten vědcům umožňuje analyzovat data biologických látek.

Článek o nové verzi softwaru publikoval i časopis Nature Biotechnology. Software vyhodnocuje data hmotnostní spektrometrie u chemických látek. Soustředí se zejména na zkoumání biologických vzorků, které obsahují velké množství různých chemických sloučenin. Ty vědci pomocí softwaru identifikují a kvantifikují. Lépe pak rozumí jejich účinkům na lidské zdraví a působení v dané struktuře.

A právě zpracování, analyzování a porovnávání různých dat o měřených molekulách představuje jeden z nejnáročnějších úkonů v biochemických analýzách. Proto již od roku 2005 vědci vyvíjejí otevřený software MZmine, jenž jim s analýzou dat z hmotnostní spektrometrie pomáhá. U zrodu technologie stál český vědec Tomáš Pluskal, který projekt koordinuje téměř od jeho počátku a dnes vede vlastní výzkumnou skupinu v ÚOCHB.

„Největší síla projektu MZmine je v mezinárodní komunitě expertů, která se kolem projektu vytvořila. Na vědeckých konferencích mají prezentace o MZmine vždy ohromný ohlas,“ říká o projektu Tomáš Pluskal.

MZmine má již třetí verzi

První verze MZmine umožnila vědcům do té doby nevídanou automatizaci zpracování datových souborů generovaných analytickými přístroji. V roce 2010 následovala druhá generace softwaru. Ta projekt dostala do širšího povědomí. Zapojila do něj vědce z celého světa, kteří software využívají a nadále sami rozšiřují o další moduly a aplikace.

„MZmine se za posledních deset let etabloval jako důvěryhodný nástroj pro výzkumníky v oblasti hmotnostní spektrometrie. Jeho modulární rámec vytvořil prostor pro zapojení celé komunity do vývoje kódu. Což vedlo k významným pokrokům v nově vydaném MZmine 3,“ hodnotí přínos a vývoj softwaru Ansgar Korf z Univerzity v Münsteru.

Nyní je tu jeho třetí verze, která přináší hned několik zásadních zlepšení. Zatímco program MZmine 2 analyzoval stovky vzorků během několika dní, MZmine 3 zpracovává tisíce vzorků za hodinu. Kromě významného urychlení zpracování dat umožňuje nová verze softwaru také propojení různých typů dat. Kombinuje například data z analytických a zobrazovacích metod. To dosud nebylo možné v oblasti hmotnostní spektrometrie v žádném akademickém ani komerčním softwaru.

Přínosy třetí verze softwaru

Podle zástupců ÚOCHB vylepšený software vědcům umožňuje snazší analýzu a interpretaci komplexních biologických vzorků. Dále pak věrnější zkoumání příčin a mechanismů různých nemocí a detekování klinických biomarkerů pro diagnostiku. Pomáhá s identifikací chemických látek v životním prostředí, včetně dosud nepopsaných chemických struktur využitelných například pro vývoj nových léčiv.

Prodáváme českou chytrost, říká Jaromír Zahrádka z i&i Biotech Fund

„Je skvělé, když se poprvé setkáme se zahraničními výzkumníky a oni nám řeknou, že MZmine a naše podpora zachránila jejich dizertaci či projekt. To je to nejlepší ocenění, v jaké můžete doufat,“ říká další z autorů technologie Robin Schmid z ÚOCHB a Kalifornské univerzity v San Diegu.

Dodejme, že na vývoji třetí verze MZmine se spolu s Tomášem Pluskalem podíleli hlavně zmínění Robin Schmid, Ansgar Korf a jeho univerzitní kolega Steffen Heuckeroth. Za úspěchem a vývojem softwaru ale stojí další desítky vědců z celého světa.

–RED–

KOMENTÁŘ

Please enter your comment!
Please enter your name here